工程院下设7个职能部门，15个二级单位和1个按二级单位管理的成果转化公司，设有博士后科研工作站。京内设立2个科技孵化公司，京外建有2个成果转化基地，在建1个石油工程中试验证基地。大陆架公司是“专精特新”小巨人企业、国资委“科改行动”示范单位；石工智控公司是中国石化集团公司上游板块首个资本助力科技孵化项目。